Vlaams minister van Welzijn, Volksgezondheid en Gezin
Op 2 oktober 2019 werd Wouter Vlaams minister van Welzijn, Volksgezondheid, Gezin en Armoedebestrijding in de regering Jambon I. Enkele dagen later, op 8 oktober, nam hij ontslag als partijvoorzitter van CD&V. Hij werd op 6 december 2019 opgevolgd door Joachim Coens.
Hoe zijn politiek engagement begon
Toen Yves Leterme in 2003 voorzitter werd, vroeg hij Wouter om ondervoorzitter te worden. Tijdens het voorzittersschap van Jo Vandeurzen en voorzitter a.i. Etienne Schouppe bleef hij ondervoorzitter om in maart 2008 tijdelijk zelf aan het roer te komen van CD&V. Voor deze interim periode kreeg hij algemene waardering en Marianne Thyssen vroeg hem dan ook opnieuw ondervoorzitter van de partij te worden toen zij in 2008 als voorzitter werd aangesteld.
In 2004 zette Wouter zijn eerste stappen binnen de actieve politiek en werd schepen van Sociale Zaken in Leopoldsburg en Senator als opvolger van Stefaan De Clerck. Bij de gemeenteraadsverkiezingen van 2006 werd Wouter als lijsttrekker verkozen met 1579 stemmen, wat resulteerde in een mandaat als 1e schepen en schepen van Financiën, Ruimtelijke Ordening en Onderwijs.
Bij de federale verkiezingen van juni 2007 kreeg Wouter vanop de 6e plaats 54.251 voorkeursstemmen achter zijn naam, hiermee raakte hij rechtstreeks verkozen in de Senaat. Hij werd er voorzitter van de commissie Financiën en Economie en zetelde namens de Senaat in het Beneluxparlement waar hij voorzitter was van de commissie Buitenlandse Zaken.
In januari 2009 werd Wouter door Marianne Thyssen gevraagd om CEDER, de studiedienst binnen CD&V, tijdelijk te leiden tot na de Vlaamse verkiezingen. In die functie schoof hij ook mee aan tafel tijdens de Vlaamse regeringsonderhandelingen die de regering Peeters II in het zadel bracht.
Voorzitterschap
Na de vervroegde federale verkiezingen van 13 juni zette Marianne Thyssen als voorzitster op 23 juni een stap opzij. Wouter werd nadien als ondervoorzitter door het politiek bestuur en de Algemene Vergadering het interimvoorzitterschap toevertrouwd. Hij leidde toen voor CD&V succesvol de onderhandelingen voor de federale regering Di Rupo I.
Op 22 december 2010 werd hij door de leden van CD&V verkozen als algemeen voorzitter voor een termijn van 3 jaar. Maar liefst 25065 leden brachten hun stem uit. 98,73% van de stemmen waren voor Wouter Beke. Wouter krijgt ook de volgende twee termijnen het vertrouwen van de CD&V-leden. Op 2 juli 2019 nam hij ontslag om aan de slag te gaan als minister. Als voorzitter werd hij opgevolgd door Griet Smaers en Cindy Franssen als voorzitters ad-interim. Wouter legde de eed af als Minister van Werk, Economie en Consumenten, belast met Buitenlandse Handel, Armoedebestrijding, Gelijke Kansen en Personen met een beperking in de regering Michel II. Hiermee nam Wouter de functies over van Kris Peeters, die zijn rol als Europarlementslid opnam. Op 8 oktober 2019 gaat hij aan de slag als Vlaams minister van Welzijn, Volksgezondheid, Gezin en Armoedebestrijding in de regering Jambon I. Joachim Coens wordt de nieuwe voorzitter van CD&V.
Titelvoerend burgemeester Leopoldsburg
Sinds de gemeenteraad van woensdag 2 januari 2013 is Wouter Beke ook burgemeester van de gemeente Leopoldsburg. Op 3 december 2019 legde zijn partijgenote Marleen Kauffmann de eed af als waarnemend burgemeester. Wouter blijft titelvoerend burgemeester maar Marleen vervangt hem tijdens zijn ministerschap.